Aprendió en la catedral de su ciudad natal con el maestro Antonio Ferro (tal como Manuel Leitão de Avilez que tuvo una carrera semejante). Contrajo matrimonio con Ana Manuel y tuvieron un hijo llamado Nicolau Tavares (o Nicolás Tavares de Olivera). Este aprendió con el padre el arte de la música.

Edición discográfica con obras de Manuel de Tavares

Eventualmente fue para España, consiguiendo alrededor de 1609 y con apenas 24 años el cargo de maestro de capilla de la Catedral de Baeza. En 1612 dejó Baeza para ocupar el cargo correspondiente en la Catedral de Murcia, quedándose hasta 1631, año en que se convierte en maestro de capilla de la Catedral de Las Palmas de Gran Canaria. Su hijo Nicolau colaboró con él en sus funciones catedralicias hasta conseguir emanciparse como maestro de capilla de la Catedral de Cádiz.

En 1638, Manuel Tavares dejó la catedral insular para buscar empleo en una de las catedrales peninsulares, efectivamente lográndolo en la Catedral de Cuenca, migrando con su esposa e hijos. Sin embargo, enfermó y se volvió incapaz de trabajar y sostener a su familia, teniendo entonces las autoridades eclesiásticas que llamar para sustituirlo a su hijo Nicolau Tavares, que dejó entonces Cádiz. El 14 de octubre de 1638, Manuel Tavares murió, siguiendo, pocos días después, a su esposa Ana Manuel, por lo que Nicolás se hizo responsable de la actividad de la catedral, de sus hermanos y de su propia esposa e hijos, aparentemente viviendo en inestabilidad económica. Según Diogo Barbosa Machado, murió joven en la misma ciudad, contando con apenas 25 años.

Manuel Tavares fue uno de los más distinguidos compositores de su tiempo y estudiándolo, se sabe que la Biblioteca Real de Música reunía una gran cantidad de sus obras hasta su destrucción por el sismo de Lisboa de 1755. Por lo menos 28 obras sobreviven en diversos archivos de España y América Latina que muestran un estilo tradicionalista (es decir, siguiendo los cánones de la música manierista) pero con características bastante innovadoras que indican la emergencia del estilo barroco.